我感觉你们之间的意思有点拧了
从水风的例子看，他是在说即使每个疾病的相关的基因都搞清了（还原得够彻底了），但是疾病治疗预防有可能还是不可得（基因的开关过程可能过于复杂），研究陷入瓶颈。我们是时候需要换一种思维，一个系统的整体的思维来研究基因的开关过程。不知道我这样说，妖道是否同意？

最后于2008-05-08 13:29:04改,共1次;

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恕我直言

从上面这段话，可以认定，一直兄并没有理解什么是“整体”。以及什么是“科学地”对“整体”进行“研究”。

愿闻其详

对复杂问题进行"分解，还原"
“分解”了，还能是“整体”吗？

没有局部哪来的整体 1
首先,任何现实中的整体都是局域性的，都是更大整体的部分。世界上也根本不存在一个所谓未经分割的绝对整体。人类所有的科学知识都是局域的，不存在针对这样一个所谓绝对整体的完整解释。

其次,没有经过对复杂系统的分解就无从获得对整体的理解.在科学方法论上,整体论只在于对系统个体之间复杂关系进行整体研究.比如说，我们面对一个局域整体时候，科学无需也无法穷尽一切联系。科学实践的重要任务在于探求组分间关键的内在关联，舍弃一些不必要的联系，以部分整合世界。由此，整体论方法的关键是要善于必要的简化，找出那些对整体行为起主要作用的因素，而不是以整体拒斥任何分割，走向简单化。

科学整体论的几个例子包括混沌学,分形学等研究都是避免不了先对整体进行还原后得到主要的"系统控制变量",然后对它们之间的复杂关系进行整体研究,发现他们整体行为的共性,在此基础上建立新知识,而并不是简单的没有任何还原分解过程而直接研究系统"整体".

罗素曾说过：“假使一切知识都是关于整体宇宙的知识，那么就不会有任何知识了。”

我提出现代科学技术发展允许人们更有效对系统进行整体研究,最简单的例子就是计算机,大型计算机在解决诸如气象变化等问题中起到了关键作用,正是对我的论点的一个注解.还有水风兄提到的生物学的进展同样支持了我的论点.

欢迎讨论.

最后于2008-05-10 05:34:58改,共1次;

如果拒绝进入哲学领域讨论
那就先存疑吧。

吱声兄列举的这几个例子都很好，但沿着这样的方向走下去，最后所得到的成果，估计会让很多人“出乎预料”的。

呵呵，我觉得生物学和医学的发展
和他所说的正好是反向的

但是我认为，随着双方的不断接近，距离真正揭开生命之谜的日子也越来越近了。

其实我甚至认为这个东西是距离所谓“终极真理”无比接近的东西呢，呵呵

又看了看水风的帖子
一个建议：当大家在关注数学家，希望他们为物理化学生物等等需要整体关联描述的地方提供帮助的时候，不妨也关注一下逻辑学。

逻辑学这个学科很怪，一方面他可以作为数学的基础，一方面在目前国内的学科分类里归在哲学下面（很多地方都不是这么分的，有的把它算成一级学科）。

物理学的发展，大多数也是从事实数据和经验公式往原理发展的
物理学的发展的前期，和当今的生物学科也是一样的，
也是先有“事实数据和经验公式、操作判断，已经有了很大的一堆数据”，再出原理的
比如开普勒三定律和牛顿天体力学

不是一开始就先有原理，再推出经验公式
当然有原理之后，必然会再推广出更多的经验公式

只是到了近代，爱因斯坦给大家的印象大有变化，尤其是广义相对论


个体到整体由于有混沌现象的存在，现在恐怕还没有突破的希望吧？

其实不是 1

这明显把哥白尼和布鲁诺跳了过去。伽利略也算半个，对牛顿的描述也不符合50%的事实。

我是把地球绕着太阳转作为事实来看的，你是作为原理看的吗？
万有引力是原理，地球绕着太阳转是事实

哥白尼和布鲁诺阐述了这个事实，
开普勒整理出了经验公式
牛顿给出了原理

伽利略研究了力和运动的关系，得出了一些结论和数据
同样是牛顿给出了原理

谁绕谁并不重要， 2

相对运动嘛，谁绕谁不一样，关键不在这儿。



哥白尼根本不是在阐述事实，他干的事儿是给出了一个托勒密模型的简化版本，而且就哥白尼最初给出的那个模型来说，精度糙的可以，跟大家印象中很不一样的是，这样一个“叛逆”的，划时代的，粗糙的模型，其实在很短的时间内就被当时还是教宗统治下的西方大学系统接受了，原因就是他并没有挑战宗教的地位。

在哥白尼（1473-1543）之后很多年，把太阳放在中心在变成了宗教斗争的工具。跟大家想象中又不一样的事，布鲁诺（1548～1600）被烧死的原因跟他的科学观点没什么关系，而是双方所属的教派不一样，是宗教内斗。



伽利略(1564～1642)是在研究“力和运动的关系，得出了一些结论”，但，没给出任何“数据”。

牛顿（1642-1727）的天文学是从牛顿的力学中推导出来的，没涉及任何经验成分，这也是牛顿让哈雷这小子五体投地的原因，以至于哈雷小弟倾家荡产也要帮牛顿大哥出书，书名就叫《自然哲学的数学原理》。

当然，哈雷最后是发财的大了去了。


开普勒（1571-1630）也许是唯一一个符合从经验到理论的家伙，但，无论是伽利略还是牛顿，都不是从开普勒的定律出发的进行研究的，换句话说，开普勒的存在与否和后来二位的研究没什么关系。

科盲来搅和
提问，不爱老师：
整体的方法论是科学的还是哲学的呢？
能不能引入直觉和理性的概念，现在通常的科学研究用的方法论是不是这样的：用直觉寻找把握（整体）方向，用理性分析个体。（这几天看科学史和哲学史搞得满脑子糨糊，得到大概这个说法）
不爱兄下面说的混沌学和分形学（可以取代直觉）成为各学科通用的方法论吗？




最后于2008-05-10 12:09:30改,共2次;

生物个体差异性是一直强调的
但是在分子水平上的in vitro实验是很难考虑的(即使in vivo也是一定程度上的)，毕竟连一个基本的机制都不清楚，何来针对单个特例的解释。这么多年的努力，大量实验数据和技术的发展，使得个体的生物信息的测量和建立成为可能。有人说web1.0，让我们看到了海量的信息，web2.0，让我们可以交流，那么web3.0，为什么不能是建立个人信息的平台。这里的个人信息不仅是出生日期，籍贯等等，而是与生俱来的遗传信息。花生同学不就贡献了自己的SNP拼图哈？这一次google又走到了前列，查查基于Illumina microarray技术23andme.com，使得建立个人的genome，已经不是遥不可及的，而且孕育着巨大商机。看看Google的Summer school projects里有多少是life computing相关的。IBM的名机之一---“Blue GENE”，大家都知道，可别忘了它在yorktown的RC里的大量 work in biocomputing的人们。Microsoft也不落后，几年前就招了一批人去做bioinfo。这样的例子太多了，某种意义上，21世纪是生命科学的世纪。对这句话，想来大家10年前的感受和现在有所不同啊。

其实中医一直秉承着个体差异性，但是由于没有一套类似西方科学这种研究体系，有些时候会觉得在忽悠。感觉医学相对来讲，要比生物更注重个体，毕竟大面积的瘟疫还是数的过来的，而各种特色疾病是层出不穷滴。

最后于2008-05-10 12:08:47改,共3次;

所以这玩意儿到最后
就不仅仅是自然科学可以结决的了。就像克隆羊一样，会有很多其它的问题。想来OP只是在探讨生命科学或者某些相关的哲学问题，而非社会科学里的解决办法。坦白的说，这些问题，至少现在看起来，难以解决。

单纯说方法论，那么既有哲学意义上的方法论，又有科学上的方法论
在探讨具体问题的时候，我个人不主张使用哲学意义上的方法论，我觉得那太虚无无助于解决实际问题。所以，我只关心科学上的方法论。

我这里说的还原论与整体论是指科学意义上的方法论。还原就是对整体分解细化的过程，整体论就是对组成整体的主要（多）个体之间相互关系进行整体分析。


我想你这里的“直觉"是指科学家在了解了大量的信息,并对这些信息做了充分的归纳整理而后,利用科学家具有的某种"科学直觉"确定研究方向这一过程,然后使用某种"理性分析"手段做进一步推论结果,并付诸实施验证自己的方向正确与否.我不否认你所说的是进行科学探索过程中一种行之有效的方法，这个强调的是科学研究探索这个过程所使用的方法。我上面提到的还原论与整体论更倾向于确定科学研究方向的方法。


混沌学和分形学是研究复杂(非线性)系统分支学科.混沌学与其他学科结合能处理一些很复杂的非线性系统行为问题，比如说他们为气候预测,股票交易等提供了相对有效的数学工具,但能否成为通用的手段,这个我觉得目前还看不出来.毕竟混沌学和分形学还是刚刚发展起来的学科.

希望没把你绕糊涂.科学史是个好东西,Steven Weinberg说"科学史是科学哲学的解毒剂",我也喜欢研究科学史,以后有空多切磋切磋.

最后于2008-05-10 15:23:30改,共3次;

会不会未来无良的科学家们会弄出来“完美基因配对”模板？
完美的，无缺的，无疾病、无体缺、无心理性格缺陷，只有美貌、强健、高智商、常青、长寿等等，完美的。

然后大家开始依照完美模板进行“基因整容”？

全世界的人的肉体都可以是完美的了。反正那个时候碳基生命的发展也到尽头了，基因整容只是对那些留恋肉体的人的一点自我安慰而已。那时侯人类可以把包括灵魂再内的一切记忆数据上传到网络中去，要不要肉体都是无所谓的，自由意志才是时髦的。

别抱怨我跑题我最喜欢找机会科幻一把。